Rumah Sakit Umum Daerah Anutapura Palu didirikan sejak zaman penjajahan Belanda pada tahun 1922, tepatnya di Jalan Sultan Hasanuddin dengan status Balai Pengobatan dan dibangun atas swadaya masyarakat dan masih ditangani oleh beberapa tenaga paramedis perawatan.
Setelah di Proklamirkan kemerdekaan RI tanggal 17 Agustus 1945 diambil alih oleh PEMDA tingkat II Donggala dan ditangani langsung oleh dokter dan tenaga perawat, karena adanya pengembangan wilayah daerah yang dijadikan sentral pertokoan sampai saat ini, maka Rumah Sakit dipindahkan ke lokasi sekarang, tepatnya di jalan Kangkung No.1 Kota Palu.
RSUD Anutapura dibangun pada tanggal 22 Pebruari 1980, yang pembangunannya rampung pada tanggal 31 Agustus 1980, kemudian pada tanggal 4 April 1981 Rumah Sakit ini diresmikan oleh Menteri Kesehatan RI dengan kategori Rumah sakit Tipe D.
Sesuai dengan Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor: 009-L /MENKES/I/1993 tanggal 9 Januari 1993, maka Rumah Sakit yang dahulu bernama Rumah Sakit Umum Daerah Anutapura ditetapkan sebagai RS kelas C, dan seiring dengan peningkatan penyelenggaraan tugas pemerintah, pelaksanan pembangunan dan pembinaan kemasyarakatan serta pelaksanaan Otonomi Daerah yang luas dan bertanggung jawab di Kota Palu, maka kemudian terbitlah Peraturan Daerah Kota Palu Nomor : 18 Tahun 2002 beralih status menjadi Badan Rumah Sakit Umum Daerah Anutapura Palu yang berlangsung selama 5 tahun dan berakhir tahun 2006. Pada tahun 2006 berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor: HK.00.06.3.5.232 tanggal 3 Pebruari 2006 Rumah Sakit Anutapura Palu, mendapatkan pengakuan “Status Akreditasi Penuh Tingkat Dasar” atas 5 (lima) Pelayanan di Rumah Sakit.
Berdasarkan Peraturan Daerah Kota Palu Nomor 10 Tahun 2007 tentang Pembentukan Organisasi dan tata Kerja, RSUD Anutapura Palu sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pemerintah Kota Palu dan pada tanggal 20 Juni 2007 RSUD Anutapura ditetapkan sebagai ”RSU Kelas B sesuai Surat Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor 733 / MENKES / SK / 2007” kemudian tahun 2007 ini RSUD Anutapura mendapat bimbingan Manajemen Mutu oleh Tim Konsultan Bapelkes Gombong Jawa Tengah untuk menuju Sertifikasi ISO 9001-2000.
Tahun 2008 RSUD Anutapura Palu berubah lagi sebagai Organisasi dan Tatakerja Lembaga Teknis Daerah (LTD) Kota Palu sesuai Peraturan Daerah Nomor 6 Tahun 2008 dimana RSUD Anutapura Palu dipimpin oleh seorang Direktur yang bertanggung jawab langsung kepada Wali Kota Palu melalui Sekretaris Daerah Kota Palu.
Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2005 tentang Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah, atas dasar tersebut Pemerintah Kota Palu dengan melalui proses serta tahap penilaian, maka terbitlah Keputusan Walikota Palu Nomor: 445/906/SETDA/2008 tanggal 31 Desember 2008 tentang Persetujuan ”Penerapan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD”), dengan persetujuan tersebut memutuskan bahwa persetujuan penerapan pola pengelolaan keuangan badan layanan umum Daerah berstatus BERTAHAP kepada Rumah Sakit Umum Daerah Anutapura Kota Palu, terhitung mulai tanggal 1 Januari 2009.
Kemudian pada tahun 2011, RSUD Anutapura Palu melaksanakan penilaian akreditasi 12 Standar Pelayanan dimana hasilnya memperoleh Pengakuan dari Komisi Akreditasi Rumah Sakit bahwa RSUD Anutapura Palu Lulus Tingkat Lanjut berdasarkan Nomor Sertifikat KARS-SERT/275/I/2012 tanggal 12 Januari 2012, dan di tahun 2012 ini sesuai surat Keputusan Walikota Palu Nomor: 900/186/RSU/2012 tanggal 27 Februari 2012 status penerapan pola pengelolaan keuangan badan layanan umum Daerah meningkat dari BERTAHAP menjadi berstatus PPK-BLUD PENUH.
Selanjutnya RSUD Anutapura Palu berstatus sebagai Rumah Sakit Kelas B Pendidikan sejak tanggal 21 Februari 2014 berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan No. HK.02.03/I/0246/2014. RSUD Anutapura Palu adalah RS Pendidikan Satelit yang merupakan RS jejaring Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Tadulako disingkat FKIK UNTAD dan UNISA. RSUD Anutapura juga telah ditetapkan oleh Kementerian Kesehatan sebagai rumah sakit Pendidikan Utama untuk fakultas kedokteran Universitas Alkhairaat pada tanggal 7 Oktober 2022 sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor HK.01.07/MENKES/1563/2022. Kerja sama RSUD Anutapura Palu dengan FKIK UNISA dimulai sejak tanggal 28 Desember 2012 dan kerjasama dengan FKIK UNTAD dimulai pada tanggal 14 Agustus 2012.